无公害农产品认证执行的是无公害食品标准，认证的对象主要是百姓日常生活中离不开的“菜篮子”和“米袋子”产品。也就是说，无公害农产品认证的目的是保障基本安全，满足大众消费，是政府推动的公益性认证。无公害农产品认证采取产地认定与产品认证相结合的模式，运用了从“农田到餐桌”全过程管理的指导思想，打破了过去农产品质量安全管理分行业、分环节管理的理念，强调以生产过程控制为重点，以产品管理为主线，以市场准人为切入点，以保证最终产品消费安全为基本目标。产地认定主要解决生产环节的质量安全控制问题；产品认证主要解决产品安全和市场准入问题。无公害农产品认证推行“标准化生产、投入品监管、关键点控制、安全性保障”的技术制度。从产地环境、生产过程和产品质量三个重点环节控制危害因素含量，保障农产品的质量安全。
无公害农产品产地环境必须经有资质的检测机构检测，灌溉用水（畜禽饮用、加工用水）、土壤、大气等符合国家无公害农产品生产环境质量要求，产地周围3公里范围内没有污染企业，蔬菜、茶叶、果品等产地应远离交通主干道100米以上；无公害农产品产地应集中连片、产品相对稳定，并具有一定规模。
无公害产品（以鸡蛋为例），是国家农业部、省农业厅和市农业局三级部门严格按照国家无公害鲜禽蛋标准NY5039-2005来认证的鲜鸡蛋产品。顾名思义，无公害农产品，简单的说就是农产品中没有“公害”，无公害鸡蛋中的公害，指的也就是“重金属、兽药和有害微生物”三害。可以说，无公害认证针对的就是农产品的内在安全性；从鸡蛋食品安全的角度，该无公害标准明确要求了鸡蛋中的主要重金属和兽药残留的检测项目和最高残留值（如下图所示）以及微生物残留的检测项目和最高残留值。
